朝の瞑想を終え、放課後のカキとのバトルが楽しみで、ハイテンションでポケモンスクールへ向かうサトシ。そこにカプ・コケコが現れる。早速バトルを挑むサトシ。ピカチュウとカプ・コケコの電撃が激しくぶつかり合ったその瞬間、目を覚ますとサトシとピカチュウは見知らぬ場所にいた…。

瓦礫以外、何もない荒野。サトシとピカチュウはカプ・コケコとロトムの名を呼ぶが反応がない。そんな時、遠くのほうで物音がした。音の方へ向かうサトシたち。そこには見た事もない大きなポケモンが瓦礫を食べていた。サトシに気が付いたそのポケモンは突如襲い掛かろうとする。バトルで応戦するも全く歯がたたないサトシとピカチュウ。

絶体絶命のサトシとピカチュウを救ったのは、謎の青年とそのパートナーの幻のポケモン・ゼラオラだった。青年の名前はディア。ディアによるとサトシを襲ったポケモンはアクジキングというウルトラビーストで、ある時、突然現れて、街を破壊してしまったという。ディアは人とポケモンが共に生きていた世界を取り戻そうと、ゼラオラと一緒に、この廃墟となった街に残ったのだ。

朝、サトシが起きて階下に下りると誰もいない。ククイ博士とバーネット博士は浜辺に出て、自然からパワーをもらうため、瞑想をしていた。ククイ博士は、いつも見慣れているけれど、自然と人とポケモンが、絶妙なバランスで生きているからこそ見られるこの風景は、実はすごい事なのだと言う。

サトシも一緒に戦いたいと願うが足手まといだと断られる。ゼラオラとのポケモンバトルにも敗れ、ウルトラレンジャーに迎えにきてもらうことになったサトシは、ウルトラレンジャーが来るまでの間、ディアのアジトに留まることに。しかし、ディアのアジトで、サトシは信じられない光景を目にする。それは廃墟となったポケモンスクールだった。