満点の星空の中、サトシ達のいるメレメレ島に何者かが現れた。その何者かは、ブルガンスタジアムの巨大な金ピカブルガン像をいとも簡単に真っ二つにしてしまう。一方、マオの家ではキャベツが勝手に千切りされ、リーリエの家では庭の植木が勝手に整えられるなどの事態が起きていた。

ルザミーネたちはこのウルトラビーストに「カミツルギ」と名づける。さらにルザミーネが言うにはこのカミツルギが通ったはずのウルトラホールが見つからないという。サトシたちウルトラガーディアンズは、被害がこれ以上拡大しないよう、カミツルギを一時捕獲することに。その頃宇宙では、デオキシスとレックウザの戦いの影響で、軌道を変えた隕石が･･･。

サトシたちはポケモンスクールで、真剣の試し斬りにも使われる“巻きわら”を使って「きる」ワザの授業を受けていた。巻きわらは居合道の有段者でもきることが難しく、サトシたちも苦戦していた。すると突如、巻きわらが真っ二つに！驚くサトシたちのもとに、ルザミーネからウルトラガーディアンズの出動要請が。どうやら様々な物をきるウルトラビーストが現れたのだという。

カミツルギが現れたという通報を受けたサトシたちはブルガンタワーへ。タワーから出たカミツルギを追いかけると、その先にはなんとポケモンスクールが！「まさか校舎をきるつもりじゃ!?」と慌ててサトシがカミツルギの前に立ち塞がり、説得を試みてウルトラボールを投げるも入ってはくれず、バトルを挑むことに。しかしその時、ルザミーネからミッション中止の通信が。なんとヌイコグマ座流星群のひとつが軌道を変え、ポケモンスクールに向かっているという！

ポケモンスクールを放ってはおけないと隕石を止めに向かうサトシたち。ポケモンのわざで隕石を壊そうとするも失敗。もう間に合わないと諦めかけたその時、カミツルギが隕石を見事真っ二つに！更に細かくなった隕石は海に落下し、ポケモンスクールの危機は免れた。海に落ちた隕石の水しぶきで、辺りには大きな虹がかかり、カミツルギはその虹をもきろうとする。すると、きろうとした所からウルトラホールが出現！どうやらカミツルギは空間をきってこちらの世界にやって来たようだ。再びウルトラホールを開いたカミツルギは、サトシたちに見送られながら元の世界へと帰っていった。