そんな時、リーリエはシロンに違和感を覚える。そのシロンはメタモンが変身した姿だったのだ。ようやくメタモンを捕まえ、予防接種をうけさせることができたサトシたち。ポケモンを保護してお世話するのはとても大変なことだと知って、母をひそかに誇らしく思うリーリエだった。その様子を見たザオボーは、リーリエがポケモンと触れ合うことはよくないことだと、あせっていた…。

サトシたちは、リーリエの母が代表をつとめるエーテル財団のエーテルパラダイスへ見学に行くことに。しかし、そこにはロケット団がまぎれこんでいた。エーテル財団のザオボーにやとわれたのだ。ロケット団はサトシに連れられてきたほしぐもをみて色めきたつ。

エーテルパラダイスはポケモンを保護するためにエーテル財団が作った人工の島。保護して元気になったポケモンは野生に返すという。施設の中を見学するサトシたちは、メタモンの予防接種を手伝ってほしいと、メタモンが保護されている部屋の中へ案内される。

予防接種を次々うけるメタモンたち。しかし、そのうちの一匹が注射を怖がって逃げ出してしまう。さっそく探しにでかけるサトシたち。しかし、メタモンは色々な生物に姿を変えて逃げるため、捜索は難航する。メタモンが姿を変えたポケモンは目に特徴があることがわかったサトシたちはさらに捜索を続けた。

いっぽう、ほしぐもをつかまえようと施設内を探し回るロケット団は、とある研究室に忍び込む。そこにはタイプ・ヌルの対ウルトラビーストの能力について書かれたレポートが置かれていた。なんとなく見てはだめなものだと直感したロケット団たち。そこへザオボーが現れた。なんとザオボーの研究室だったのだ。