どく状態のモクローを助けるために、ピカチュウたちはモクローを運んでいた。その様子を偶然目撃したロケット団。謎のポケモンは超レアポケモンに違いないと、捕まえようとする。そこへサトシたちが駆けつけ、バトルでなんとかロケット団をしりぞけた。

ピカチュウと謎のポケモンは森の中へ。２匹で木の実をわけあってなかよく遊んでいた。じゃれあう2匹を偶然見かけたモクローは、ピカチュウが襲われていると勘違いし助けようとするが、びっくりしたその謎のポケモンの攻撃でどく状態になってしまう。

ピカチュウのことが気になって、ポケモンスクールに来てしまった謎のポケモン。ピカチュウはそのポケモンに誘われて、スクールの外へと出てしまう。ランチの時間にピカチュウがいないことに気づいたサトシたちは、ピカチュウを探すことに。

アローラの夜の浜辺に、謎のポケモンが！？偶然チョンチーと遭遇したそのポケモンは、チョンチーを驚かしてしまう。そんなチョンチーとの出会いに、そのポケモンはいつか見たピカチュウのことを思い出していた。

リーリエの治療で回復したモクロー。そんなときルザミーネから謎のポケモンについての報告が。そのポケモンはウルトラビーストで、名前を「ベベノム」と呼ぶことにしたという。出現したウルトラホールの場所が分かるまでサトシのバートナーポケモンにすることに。サトシは無事ウルトラゲットし、ベベノムとの生活が始まった。