海辺でバトルの練習をするサトシとカキ。それぞれＺワザを繰り出すもいつものように出せなかった。どうやらＺパワーが関係しているらしい。そんな時、急にベベノムが砂浜に不思議なマークを描いた。一方、ルザミーネたちはやる気がおこらないながらも、調査によりアローラに異変が起こっていることをつきとめていた。

日輪の祭壇内で発見された新たな遺跡を探索するルザミーネ。そこにはかがやきさまの壁画があった。壁画にはベベノムが砂浜に描いた謎のマークもある。そこへバーネット博士から連絡が。サトシたちがかけつけると、空にはウルトラホールが出現していた。そしてそのウルトラホールから、ルナアーラと、ナゾのもう一体が…。

ある日の朝、サトシはククイ博士とバーネット博士がいつもの元気がないことに気づく。アローラではめずらしい曇空の下、サトシがスクールに着き、仲間たちと話したところ、みんなのお父さんお母さんも元気がなかったようだ。

サトシたちはアローラを創造したという“かがやきさま”について話し合う。アローラを創造したかがやきさまは光を出しつくし、黒く成り果て深い眠りについたが、太陽と月の化身が光を分け与えたところ、眠りから覚め、空の果てへと飛んでいったという。太陽と月の化身がソルガレオとルナアーラ、空の果てはウルトラホールの先なのではないかと想像するサトシたち。

ルザミーネたちはアローラのウルトラオーラが減少していることをつきとめた。どこかに小さいウルトラホールがあり、そこからウルトラオーラが吸い込まれているようだ。さらなる調査のため、ウルトラガーディアンズを日輪の祭壇に召集。サトシたちが現地に着くと、新たなウルトラガーディアンズのメンバーとしてリーリエの兄・グラジオもいた。