ミュウ探索の途中、トラブルで二手に分かれてしまったチェイサー一行。ゴウ・トキオ・アサヒはカイオーガ、ツルギとシゲルはグラードンにそれぞれ遭遇する！伝説のポケモンが、なぜここに―？更にテーブルマウンテンの奥へと進むゴウ達が、そこで目にしたものとは…。そして、ゴウはミュウにたどり着き、夢を叶えることはできるのか―！？