ゴウとサトシがリサーチフェローとして今まで集めたポケモンのデータが研究所のパソコンから消えてしまった！何者かがメインデータにアクセスした痕跡から、犯人を捜そうとするゴウ。一方その夜、外でみずでっぽうの練習をしていたジメレオンは研究所の中に浮かぶ怪しい物体を発見して…！？