ポケモンワールドチャンピオンシップスに向け、ルカリオをメガシンカさせるためコルニの元を訪れたサトシとゴウ。コルニからメガシンカに必要な”キーストーン ”を受け取ったサトシは、メガシンカに必要なメガストーン”ルカリオナイト”をゲットするためメガ島へ！果たしてサトシとルカリオは絆を深め、メガシンカを習得することができるのか！？