世界で一番美しい町といわれる水の都「アルトマーレ」。そこでサトシは不思議な技を持つポケモン、ラティアスとラティオスに出会う。ラティオスは兄、ラティアスは妹でとても仲がよく、この町の秘宝「こころのしずく」を守っていた。

この秘宝をねらう怪盗姉妹ザンナーとリオン。彼女たちが起こした事件に巻き込まれるサトシとピカチュウたち。隠された封印が解かれた時、町は大水害に見舞われる。奪われた「こころのしずく」を取り返す為、サトシとピカチュウが水の都を駆け抜ける！

ポケモンの目線で世界が広がり、楽しい音楽とナレーションで語られる短編ムービー。大人気のピチュー兄弟が再び登場！
大事なお使いの帰りの機関車からふとした不注意で森に落ちてしまったピチュー兄弟。果たして無事におうちに帰れるのか？