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旅をするサトシたちの前に、空から突然大きなポケモンが降ってきた! それは幻のポケモン・ボルケニオン。人里離れた「ネーベル高原」で、人間に傷つけられたポケモンたちと暮らすボルケニオンは、人間たちのことが大嫌い。急いで立ち去ろうとするボルケニオンだが、なぜかサトシまでいっしょに引っ張られてしまう。ふたりは不思議な鎖で繋がってしまったのだ! 仕方なくボルケニオンはサトシを引きずりながら、「アゾット王国」を目指して走り始めた。 一方、アゾット王国の大臣ジャービスは、人造ポケモン・マギアナと、マギアナに宿るといわれる「ソウルハート」という未知なる力を手に入れていた。ジャービスはその力を利用して、王国を支配しようとたくらみ、ボルケニオンは、ネーベル高原から連れ去られたマギアナを取り戻そうとしていたのだ! はたして繋がれたままのサトシとボルケニオンは、マギアナを助け出すことができるのか? 「ソウルハート」に秘められた、本当の力とは? 今、ポケモン史上最も熱いバトルが始まる!