カプ・レヒレを探しに、海へ向かうサトシ。海辺につくと、オドリドリ（まいまいスタイル）たちがおり、その一匹が、ポニ大根のワナにかかって捕まってしまった。犯人はスカル団。ここポニ島にスカル団のパラダイス、略して「スカパラ」を作る予定で、その入り口でオドリドリたちを踊らせようと大量に捕まえていたのだ。

ポニ島へ自由研究にやってきたサトシたち。それぞれの研究課題を決めて、頑張ることに。サトシは大試練をうけることが課題だというが、ポニ島にはしまキングがいない。それならばと、サトシはカプ・レヒレに直接大試練を受けさせてもらおうとはりきる。

サトシはオドリドリたちを救おうと、スカル団とバトルをすることに。そこへ、見回りをしていたハプウがポニ大根の残骸を見つけ、海辺にやってきた。ポニ大根を盗んでオドリドリたちを捕まえていたスカル団と、ハプウはバンバドロでバトルをすることに。結果は一撃でバンバドロが勝った。

少女のゴルーグとサトシのピカチュウでバトルするも、ピカチュウは戦闘不能に。ポケモンセンターのジョーイさんに謎の少女のことを尋ねると、少女の名はハプウといい、かつて少女の祖父・ソフウとともに暮らしていた畑に、今も一人で住んでいるらしい。最近、ポニ大根泥棒がいるため、見回りをしていたという。

ポニ島を探索している途中、ゴルーグを見つけるサトシたち。ゴルーグは畑でポニ大根を収穫している様子。サトシは畑に入ろうとするが、謎の少女に大根泥棒だと疑われてしまう。サトシは泥棒ではないと訴えるが、少女は聞く耳を持たず、バトルをすることに。