謎のウルトラビーストはルザミーネたちに「フェローチェ」と名づけられた。どうやらフェローチェはＺクリスタルのエネルギーに引き寄せられるのか、島中でＺクリスタルをトレーナーから奪い取っているらしい。フェローチェに奪われたＺクリスタルを取り返すため、サトシたちウルトラガーディアンズは出動する。

フェローチェを捕まえるためザオボーが開発した捕獲装置を使い、罠をしかけることになったサトシたち。しかしフェローチェに難なく罠をかわされ、他のＺクリスタルも奪われてしまう。絶体絶命なサトシたち。そこへキテルグマが現れ、圧倒的な強さでフェローチェを倒してしまう。キテルグマはコジロウたちのＺクリスタルを回収すると、ロケット団を連れて走り去っていった。

ロケット団の前に現れたフェローチェは、コジロウたちのＺクリスタルも奪ってしまう。そんな中、フェローチェの美しさに一目ぼれしたニャースはフェローチェのＺクリスタル集めに協力することに。ニャースにおびきよせられたサトシたちはフェローチェにＺクリスタルを奪われたうえ、ピカチュウのでんこうせっかよりも早いスピードに手も足も出ない。

みんなが寝静まった真夜中、突如としてウルトラホールが出現し謎のウルトラビーストが現れた。鉢合わせしたハラはハリテヤマで応戦するも、あまりのすばやさと異様な迫力に動けなくなり、Ｚクリスタルを奪われてしまう。直後、緊急出動で駆けつけたサトシたちウルトラガーディンズだったが、ウルトラビーストのあまりのすばやさに、姿をはっきりと確認できなかった。

キテルグマのおかげではあったが、フェローチェをウルトラゲットしたサトシたちは無事Ｚクリスタルを取り戻し、フェローチェを元の世界に帰すことができた。ロケット団の秘密基地に戻ったニャースは落ち込んでいた。しかし、キテルグマやムサシたちに励まされ、みんなの優しさに嬉し泣きするニャースは「ここがニャーの居場所なのニャ！」と改めて仲間の大切さに気付くのであった。