カキとサトシのゼンリョクバトルは、サトシのルガルガンとカキのリザードンのＺワザ対決の末、サトシが勝利を収めた。悔いのないバトルを終えたカキは、いつか“しまキング”になるため島巡りを続け、Zワザの種類を増やし、もっと強くなるのだと話す。２人のバトルの審判を務めた“しまクイーン”のライチは、そのためには外の世界を知るべきだとカキに助言する。同時に、サトシにも外の世界を知ることの大切さをよく知っているのではと語りかける。

ポケモンスクールではククイ博士がみんなに次の長期休みの予定を聞いていた。マーマネは宇宙飛行士になる夢を叶えるためにトクサネシティの宇宙センターへ、カキはリーグで直接対決出来なかったサトシとバトルがしたいという。スイレンは父の海洋調査の手伝い、マオはアイナ食堂をポケモンも楽しめるレストランにプチリニューアル、リーリエはマギアナを目覚めさせると意気込んでいた。一方のサトシは何も予定を考えていなかったことに気づく。

アローラポケモンリーグを終えて、サトシたちは久しぶりの我が家で、朝食を楽しんでいた。しかし楽しい時間も束の間、外へ飛び出したアーゴヨンを追ってサトシが見たものは、上空に開いたウルトラホールだった。アーゴヨンが元の世界へ帰ることを悟ったサトシは、アローラや自分を助けに来てくれたことへのお礼を伝え、アーゴヨンを見送った。

スクールの帰り道、サトシがククイ博士に次は何をすればいいのかたずねると、ククイ博士は「自分で考えるんだ」とサトシを後押しする。カキたちがそれぞれの目標に向かって努力している頃、リーリエはマギアナを目覚めさせるため父・モーンが残した日記を読みふけっていた。そのままつい眠ってしまったリーリエ。目覚めると、日記の最後のページにマギアナと父のポケモンだったゾロアークの絵が描かれていたことに気づく。

リーリエの家では、日記の絵を手掛かりに、兄・グラジオの協力でマギアナとゾロアークを再会させることに。マギアナのことを覚えていたゾロアークは、２人がまだ小さかった頃の父との在りし日の幻影を見せる。そして、父を強く想うリーリエの涙に反応するように、突然マギアナのソウルハートが輝き、マギアナが動き始めた！同じ頃、サトシはついに自分の進むべき道を決断する。それは、外の世界を知るため、故郷のマサラタウンに帰ることだった…！