課外授業も終盤のある夜、みんなが眠る中、イワンコはバトル中にモクローを傷つけたことを悩んでいた。こっそり家を抜け出し、ワザの特訓をするイワンコ。イワンコに気がついたカプ・テテフはバトルをしかけた。しかし、その力の差ゆえイワンコは傷ついてしまう。

イワンコがいなくなっていることに気がついたサトシとピカチュウは、さっそく探しに行く。イワンコをみつけるも、興奮したイワンコはサトシの腕にかみついてしまう。落ち込んでしまい、草むらの中へと消えていくイワンコ。

カプ・テテフはドレインキッスでサトシとルガルガンたちから吸収したエネルギーをイワンコにあたえた。イワンコは回復し、グリーンフラッシュという緑に輝く日没の太陽をじっとみつめる。その時進化は起こる。イワンコはまひるのすがたでも、まよなかのすがたでもない、別のすがたのルガルガンとなった。

結局イワンコが見つからないまま夜が明けてしまう。翌日他の仲間たちも加わって捜索 。一方イワンコは崖の小道を傷だらけで歩いていた。遠吠えをするイワンコ。それに気がついたルガルガン（まよなかのすがた）は、イワンコのところに向かう。

傷だらけで倒れているイワンコを見つけたルガルガン（まひるのすがた）とルガルガン（まよなかのすがた）。2匹はイワンコを抱きかかえいのちの遺跡へ連れて行く。カプ・テテフに助けてもらうためだ。一方サトシたちも、いのちの遺跡へと向かう。