ロケット団に邪魔をされ、ほしぐもの捕獲に失敗したザオボー。次はほしぐものテレポートを利用することを思いつく。コンペイトウでおびき寄せ、サトシとリーリエに頼まれていると嘘をついて、エーテルパラダイスのある場所に行こうというのだ。ほしぐもがいないことに気が付いたサトシたちは、ザオボーとほしぐもがテレポートで消える瞬間を目撃する。

すっかりポケモンをさわれるようになったリーリエ。授業でポケモンたちといっしょに大なわとびをしたり、とても楽しそうだ。一方、エーテルパラダイスから姿を消したザオボーはポケモンスクールに現れ、ほしぐもをつけねらっていた。名誉挽回のため、ほしぐもを利用してウルトラホールを再びひらくことをもくろんでいたのだ。

ほしぐもはザオボーと共にエーテルパラダイスのレッドエリアに来ていた。ここは4年前のあの事件があったところだ。ザオボーは特殊な箱にほしぐもを閉じ込め、あるマシンに設置した。ぼしぐもの力でウルトラオーラを増幅させ、ウルトラホールを開くのだ。そこへサトシ、リーリエ、グラジオ、ルザミーネがかけつける。ほしぐもを救おうとするサトシだが、吹き飛ばされてしまう。

ピカチュウとブラッキーのワザでマシンを攻撃し、箱の中のほしぐもを助け出す。開きかけたウルトラホールは閉じるが、その後、ほしぐもは光につつまれ、再びウルトラオーラが輝きだしウルトラホールは開き始める。光がおさまるとほしぐもは繭のような姿に変わっていた。そして、ついにウルトラホールが開いてしまった。

ウルトラホールから一体のウルトラビーストが現れた。ザオボーが「UB01 パラサイト」と呼ぶそれは4年前にリーリエを襲ったウルトラビーストだった。ゆっくりとリーリエのところに向かってくるパラサイト。再びリーリエを襲おうとするがグラジオが立ち向かう。しかしさらに二人の前にルザミーネが立ちはだかり、パラサイトにつかまってしまう。そしてそのままウルトラホールの向こうに連れ去られてしまった。