ミミッキュに効果的なダメージをあたえることができないままピカチュウはとうとうたおれこんでしまう。そこへロケット団はとどめをさそうとＺワザを仕掛けた。ロケット団が勝利を確信したその時、ミミッキュの動きが止まった。

Ｚリングを手に入れたロケット団は、ピカチュウをゲットすべく、ミミッキュとＺワザの練習。その後、クチナシのところへ出向き、サトシたちがいる場所をたずねる。クチナシは面倒くさそうに、スーパー・メガやす跡地と適当に答えた。

サトシたちは大試練に向けて最後の特訓をした後、ロケット団と入れ替わるようにしてクチナシを訪れた。改めて試練を申し込んだサトシに、クチナシは面倒くさそうにしたものの、ふと何かを思いつき、スーパー・メガやす跡地にいるミミッキュを連れたトレーナーとのバトルが試練だとサトシに告げる。

スーパー・メガやす跡地に着いたサトシたちはクチナシが言っていたバトル相手がロケット団だということを知る。ロケット団はピカチュウ ゲットを、一方のサトシは大試練を目指して、それぞれの思いをかけた熱いバトルがはじまった。ロケット団のミミッキュはとても強く、苦戦するサトシとピカチュウ。

ミミッキュがピカチュウから離れると、ピカチュウは新しいわざエレキネットを覚え、それで自分の体を守っていた。ついに反撃に出るサトシとピカチュウ。サトシがＺワザを発動しようとすると、なんとＺクリスタルの形が変わった!　そして強力なＺワザ「１０００まんボルト」を発動。かくしてサトシ＆ピカチュウは無事、試練を突破したのだった。