サトシたちは、ウラウラ島のホクラニ天文台にメテノの観察のためにやってきた。天文台では、マーマネの従兄でククイ博士の親友であるマーレインが出迎えてくれた。

空から降ってきたたくさんの流れ星（？）の正体はメテノだった。ほしふりの丘に落ちてくるというので、さっそく行ってみるサトシたち。メテノたちは、まるで地上の星のように色とりどりに美しく光っていた。1匹、殻がついた状態のメテノが地上に残っているのを見つけたサトシたち。それを天文台に運ぶことにした。

空へと上っていくメテノと、それを追うベベノム。サトシはどうにかできないかとマーレインに相談する。しかし、マーレインは「それがメテノというポケモンなんだ」と答えた。ククイはサトシに「いっしょにいた事を覚えていてあげることも、時間を共にすごしたものの役目だ」とやさしく諭す。仲良くなったメテノはベベノムの前で静かに消えていった。

翌朝、ベベノムがメテノの殻をつつくと、ヒビが大きくなった。思わずびっくりしてしまうベベノム。殻はついに割れ、だいだい色のメテノが出てきた。そして、ベベノムとメテノは仲良しになる。サトシたちとも仲良くなり、一緒に遊んで楽しい時間を過ごした。しかし、メテノというポケモンにはある秘密があった…。

その夜、ふたたび空からたくさんのメテノが落ちてきた。殻から出てきたメテノはまた空へ。そこでみんな、メテノの秘密を知る。空へ戻っていくように見えたメテノは、実は戻っていく途中で、消えてしまう存在なのだ。