ピカチュウやシロンのおかげでサトシたちの居場所をつきとめたマオ。サトシたちを助けるため、アローラペルシアンにアマージョで挑む！結果はアマージョの圧倒的強さで勝利。ペルシアンの難からは逃れたが、サトシたちは小さいまま。しかし、なぜかピカチュウのくしゃみで3人は元の大きさに戻ることができたのだった。

ポケモンスクールに、ザオボーが科学を教えるため特別講師としてやってきた。そこでザオボーが発明した、大きなものを小さくするマシンの実演をみんなで見ることに。しかし、スイッチを押しても全く動かず…。

ザオボーはマシンを再起動してトライしてみたが、今度は対象物に当てるはずの光線があちこちの方向に発射される事態に！サトシたちは光線から逃れようとする。しかし運悪く、サトシとリーリエ、そしてマーマネが光線に当たってしまい、ピカチュウよりも小さいサイズになってしまった…。

さらにアクシデントで外にほうりだされる3人。スクール内の池に落ち、外の川まで流される。バンバドロが起こした水しぶきにのまれたり、コラッタにおそわれそうになったり、キュワワーにつかまって空を飛んだりと小さい3人にとって外は危険や冒険がいっぱい。一方カキたちはサトシたちを探しにウルトラガーディアンズとして緊急出動した。

小さくなったサトシを目ざとくみつけたポケモンがいた。それは以前ニャビーをいじめたアローラペルシアン。サトシたちの後をつけ、おそおうと追いかける。サトシたちは逃げるが、とうとう袋小路まで追い詰められてしまった。