突然、ツンデツンデが暴れだした。ツンデツンデの上に置かれたブルガン像が原因だとわかったサトシたちは、協力してそれを落とそうとする。その最中、サトシはツンデツンデを乗りこなしたようで、ツンデツンデはおとなしくなる。そこをチャンスとウルトラボールをかざしてみると、すんなりウルトラゲットできたのだった。

夜、空から謎の大きな物体がポケモンスクールに落ちてきた。翌朝サトシたちは、それをククイ博士が30段のとび箱を用意してくれたと思い、とぼうとする。しかし、どうも普通のとび箱ではなさそうで…。その時、サトシたちにウルトラガーディアンズの緊急出動の要請が来た。

とび箱の授業中、サトシとポケモンスクールの仲間たちはククイ博士に10段どころではない、30段をとんで見せると意気込む。その日の夕暮れ、買い物から帰る途中にククイ博士ととび箱の話をしていたサトシは、たまたまブルガンタワーを建設中のブルガンに遭遇する。

街でウルトラオーラの反応が確認されたと報告をうけたウルトラガーディアンズ。早速現場にかけつけると、そこはブルガンタワーの建設現場だった。しかも、ブルガンが作っていた建築物に、なんとツンデツンデが紛れ込んでいた！

スクールに落ちてきた物体は「ツンデツンデ」というウルトラビーストだった。サトシたちはウルトラゲットしようとするも、全くうまくいかない。打つ手がなくなったサトシたちはルザミーネと相談し、しばらく様子を見ることに。しかし、翌朝スクールに来てみると、謎の足跡のようなものを残し、ツンデツンデは消えていた。