サトシたちに見つからないようにそっと移動するロケット団。しかしそんなロケット団についてくる1匹のヌイコグマがいた。そのころ、エーテルパラダイスでは、近々自然に返す“卒業”間近のポケモンのうち、ヌイコグマが行方不明になっているようで・・・。

後ろを付いてきていたポケモンが行方不明になったヌイコグマと気付いたロケット団。ここでヌイコグマを盗んだと間違われたら、せっかくの計画が実行できなくなると、とっとと逃げようとする。しかしサトシたちに見つかってしまう。

ヌイコグマを盗んだと誤解したまま、バトルで取り返そうとするサトシ。しかしその時、空からキテルグマが現れた。ヌイコグマをしばらくじっと見つめていたキテルグマは何かに気付き、大喜び。なんと、キテルグマとヌイコグマは離れ離れになった母子だったのだ。

バーネット博士たちが忘れたお弁当を手に困っているククイ博士。ちょうどサトシは、マナーロ祭の時に起きた出来事について話をききたいと、ルザミーネにエーテルパラダイスへ来るように頼まれていたので、ついでにお弁当をもってエーテルパラダイスへ向かう。

時を同じくして、ロケット団もエーテルパラダイスに潜入していた。ここのポケモンをいっきに奪い、サカキに献上しようというもくろみだ。しかし、計画を実行しようとしたその時、サトシの姿を目にし、計画はいったん中止に。