ククイ博士の家に居候し、ポケモンスクールに通うことになったサトシとピカチュウ。ある日、クラスメートがサトシのサプライズ歓迎会を開いてくれることに！その歓迎会の最中、突然、島の守り神というポケモン、カプ・コケコがやってきて…