サクラギ博士から「カイリューたちが暮らす島があるらしい」という噂を聞いたサトシとゴウは、その島を探しに出かけることに。道中でゴウが捕まえたジュゴンに乗り、海に出たものの、突然の嵐に遭い、波にさらわれてしまった二人を救う影。とある島の海岸で目を覚ましたサトシたちの前に現れたのは、たくさんのカイリューたちだった！