プロジェクト・ミュウの、次のトライアルミッションは「フリーザーとのレイドバトル」！ゴウは、サトシと共に、フリーザーがいると言われるふたご島に向かう。フリーザーを探す道中、ゴウの友達でセレビィを目標にする少年・トキオ、そして、サトシの幼馴染・シゲルと再会！ゴウと同じく、プロジェクト・ミュウのメンバー合格を目指すライバル2人と共に、伝説のポケモン・フリーザーとのレイドバトルに挑む！