「プロジェクト・ミュウ」の新たなミッションのため、ホウエン地方・シーキンセツにやってきたゴウとサトシ。今回のミッションはサバイバル！施設内の他のチャレンジャーとバトルをし、最後に残った者だけが勝者となる―。インテレオンと共に挑戦するゴウは、友達のトキオと再会するが…。策略と裏切りが渦巻くバトルロイヤル、勝ち残るのは誰だ！？