マスターズトーナメントに向けた特訓中、オーキド研究所に呼ばれたサトシとゴウ。研究所にいるサトシのポケモン達にエールをもらい、俄然気合の入る、ピカチュウ、ルカリオ、ゲンガー、カイリュー、ネギガナイト、ウオノラゴン。そして、なんと研究所にはサトシがシンオウ地方を旅していた頃のライバル、シンジの姿も！シンジとの再会で、サトシが得たものとは！？