サトシのファイナルと時同じくして、ゴウはミュウ探索のため「さいはてのことう」に向かっていた。島に上陸したゴウ・シゲル・トキオ・ツルギ・アサヒ達だったが、ラボにいるホダカ博士との通信が途絶え、モンスターボールも起動しなくなってしまう…。絶体絶命のピンチの中、ミュウと出会うために探索を続けるゴウ達の運命は…！？