サクラギ研究所のシステムトラブルで、久々に両親と祖母の待つ家に帰ることになったゴウ。久々に再会出来ると喜んだのもつかの間、両親は急な仕事で帰りが遅くなってしまうという。いつものことだからと諦め顔のゴウだが・・・。そして、家の近所の公園でマンキーに襲われているカラカラを見かけ、ヒバニーといっしょに助けに入ったものの、カラカラが大切にしているホネを持っていかれてしまった。ゴウとポケモンたちは協力してホネを探してあげることに！