旅の途中、のどかな自然の中でまどろんでいたサトシたちをロケット団が襲う。何とか撃退したものの、ロケット団と一緒にピカチュウまで空の彼方に飛んで行ってしまった！離れ離れになったサトシとピカチュウは合流しようと、お互いを捜すが…。離れていても心は１つ―。二人は再会することはできるのか…！？