サトシとピカチュウは、かつて一緒に旅をしたラプラスと再会する。ラプラスは何やら助けを求めている様子…。ラプラスに案内されてやってきた島には、なんと洞窟の穴にはまって抜けられなくなったホエルコがいた！あの手この手でホエルコを穴から出そうとするが、果たして救い出すことができるのか！？