オーキド博士とともに、カントー地方のクチバシティに新しくオープンしたサクラギ研究所に向かうサトシとピカチュウ。その研究所で、クチバの港に伝説のポケモンが現れるとの情報を耳にする。バトルをするため、港へ走るサトシたち。同じ頃、クチバシティ出身の少年・ゴウも伝説のポケモンの正体を確信し、港へ向かっていた…！