ホウエン地方のミシロタウンに、1年の中でも限られた期間にしか見られないという『アゲハントの渡り』を調査しにやって来たサトシとゴウ。調査の途中、ゴウはケムッソをゲットしようとラビフットに声をかけるが、ラビフットは無関心。そんなラビフットにショックを受けるゴウ。その晩、宿泊先のポケモンセンターを抜け出すラビフット。一体どこへ…？