引き続きガラル地方に来ているサトシとゴウ。そこで出会ったのは、臆病で泣き虫なポケモン、メッソンだった。おびえて泣いてしまうメッソン。その涙に含まれる成分で、一同は涙が止まらなくなってしまう。さらに、水に触れると姿が消えるメッソンは、自分の涙でも消えてしまうらしく、姿を見失ってしまう。そんな中、ロケット団もガラル地方にやって来て…。