サトシとピカチュウを眺めながら、ふと自分もピカチュウをゲットしたいと思い立つゴウ。サクラギ所長から、とある場所でピカチュウが大量発生しているという情報を聞きつけ、早速向かうことにする。そこで出会ったのは、世話好きのメスのピカチュウをはじめとする、たくさんのピカチュウたち。ピカチュウたちは岩場から「かみなりのいし」を掘り起こし、その力でライチュウに進化しようとしているのだった。そんな中、サトシのピカチュウも進化の光を放ち…！？