青い空、白い雲、のいい天気。サクラギ研究所でかき氷を楽しむサトシたちに、突然巨大な雷雲が迫る。強い生体エネルギーが感知され、なんと伝説のポケモン・サンダーが近くに来ている可能性があることがわかる！サクラギ研究所周辺が停電をくり返す中、ゴウの“ひらめき”で向かったとある場所で、サンダーと出くわすことに成功する。早速バトルを挑むが、歯が立たない2人。そこに居合わせた思わぬ「助っ人」と協力して、レイドバトルをすることに！！