英雄伝説の謎を解き明かそうとラテラルタウンの遺跡へと向かったゴウとソニアは、怪しげな男たちに襲撃される。ダイマックスバトルを繰り広げる中、その衝撃で崩れた壁画の奥に、とあるポケモンの石像を発見する。ゴウはサトシに電話し、英雄伝説の新事実を話すが、その途中、ナックルシティから大きな衝撃と赤い光が発生！ローズが復活させようと暗躍していた伝説のポケモン・ムゲンダイナが、格納庫を破って外へ飛び出したのだった！！