伝説のポケモン・ムゲンダイナのもとへと向かうサトシとゴウだったが、サトシはローズに、ゴウは秘書のオリーヴに行く手を阻まれ、バトルに突入する。ピンチに陥ったその時、サトシのリオル、ゴウのラビフットに変化が起こり・・・！？一方、一足早くムゲンダイナと対峙したダンデは、激しいバトルを繰り広げていた。やがて最終形態へパワーアップを果たすムゲンダイナ。絶体絶命のサトシとゴウのもとに、あのポケモンたちが現れる！！