クチバシティにある『イーブイ進化研究所』は、イーブイと、その進化形に特化した研究機関だ。そこにはシャワーズ、サンダース、ブースターなど8種の進化形とともに、ある「特別なイーブイ」が暮らしていた。そんなイーブイが、偶然コハルのワンパチと出会い、研究所から迷い出てしまう。たどり着いた先は、なんとコハルの通うスクールだった！