世界中を巡り、汚れた水を清めているといわれる伝説のポケモン・スイクン。そのスイクンが、とある湖に留まっているとの情報が入る。伝説のポケモンをゲットするチャンスに、俄然気合いが入るゴウ。早速湖に向かったサトシとゴウが目にしたのは、悪のポケモンハンター集団と、傷つきながらも湖と野生のポケモンたちを守ろうとするスイクンの姿だった！