久しぶりにマサラタウンのオーキド研究所を訪れたサトシとゴウ。ゴウはオーキド博士から、本格的にミュウを探索するチーム、”プロジェクト・ミュウ”がメンバーを募集していることを聞かされる。一方、サトシは研究所に預けていたゴウカザルが最近姿を見せないと知り、ゴウと一緒に探しに行くことに。その途中、出会ったのはなんとサトシの幼馴染でライバルのシゲルだった！