ジョウト地方で空が突然真っ暗になり、朝が来ない日が続いていると知ったサトシとゴウは、調査に向かうことに！調査中、公園で出会った少女・キララが不思議なポケモンに会ってから夜が続くようになったと聞くが…！？サトシとゴウは、調査のため訪れた遺跡博物館で偶然出会ったシンオウ地方・ポケモンリーグチャンピオンのシロナと共に謎に迫る！