元の世界とそっくりなもう1つの世界に辿り着いたサトシたち。そこで、もう1人のヒカリに遭遇したゴウとヒカリは、ポケモンが進化前の姿に戻ってしまうと聞き、シンオウ地方で起こっている不思議な現象には時空を司る伝説のポケモン・ディアルガとパルキアが関わっていると予想。果たしてサトシたちはシンオウ地方の危機を救えるのか！？