［反転世界(はんてんせかい)］…この世界(せかい)の裏側(うらがわ)にある、鏡(かがみ)のような不思議(ふしぎ)な世界(せかい)。そこは［ギラティナ］だけが棲(す)む特殊空間(とくしゅくうかん)だった。しかし、［ディアルガ］と［パルキア］の戦(たたか)いにより、時間(じかん)と空間(くうかん)がゆがんでしまったせいで、反転世界(はんてんせかい)は黒(くろ)い雲(くも)に覆(おお)いつくされてしまった。怒(おこ)ったギラティナは、ディアルガを見(み)つけ出(だ)し、反転世界(はんてんせかい)へとひきずりこもうとする…。旅(たび)を続(つづ)けるサトシとピカチュウたちの目(め)の前(まえ)に、見(み)たことのないポケモンが現(あら)われた。それは、「花(はな)はこび」と呼(よ)ばれている習性(しゅうせい)をもつ、かんしゃポケモンの［シェイミ］だった。テレパシーを使(つか)うことができるシェイミは、サトシたちを導(みちび)いてグラシデアの花畑(はなばたけ)を探(さが)す旅(たび)に出(で)るが、この［グラシデアの花(はな)］には、大(おお)きな秘密(ひみつ)が隠(かく)されていた…。

シェイミを狙(ねら)うギラティナ、そしてハイテク母艦(ぼかん)［メガリバ］を操(あやつ)る謎(なぞ)の青年(せいねん)・ゼロなど、次々(つぎつぎ)と巻(ま)き起(お)こる困難(こんなん)に立(た)ち向(む)かいながら、反転世界(はんてんせかい)へと乗(の)り込(こ)むシェイミとサトシたちを待(ま)ち受(う)けていたものとは…！？ポケモンたちのバトルの結末(けつまつ)は！？グラシデアの花(はな)に隠(かく)された秘密(ひみつ)とは？そして、シェイミの真(しん)の力(ちから)とは！？

【特別出演(とくべつしゅつえん)】
ムゲン：山寺(やまでら)宏一(こういち)／ゼロ：中村(なかむら)獅童(しどう)／インフィ：中川(なかがわ)翔子(しょうこ) レイラ：南(みなみ)明奈(あきな)／ジバコイル：ゴルゴ所長(しょちょう)／ムース：レッド博士(はかせ)／ラッキー：クリスタル・ケイ

【メインキャスト】
サトシ：松本(まつもと) 梨香(りか)／ピカチュウ：大谷(おおたに) 育江(いくえ) ／タケシ：うえだ ゆうじ／ヒカリ： 豊口(とよぐち) めぐみ／ポッチャマ：小桜(こざくら) エツ子(えつこ)／ムサシ：林原(はやしばら)めぐみ／コジロウ：三木(みき)眞一郎(しんいちろう)／ニャース：犬山(いぬやま)イヌコ／ナレーション：石塚(いしづか) 運昇(うんしょう)

【メインスタッフ】
原案(げんあん)：田尻(たじり) 智(さとし)、増田(ますだ) 順一(じゅんいち)、杉森(すぎもり) 建(けん)
スーパーバイザー：石原(いしはら) 恒和(つねかず)
アニメーション監修(かんしゅう)：小田部(こたべ) 羊一(よういち)
エグゼクティブプロデューサー：久保(くぼ) 雅一(まさかず)、伊藤(いとう) 憲二郎(けんじろう)
プロデューサー：吉川(よしかわ)兆二(ちょうじ)、深沢(ふかさわ)幹彦(みきひこ)、岡本(おかもと)順哉(じゅんや)、盛武源(もりたけもと)
アニメーションプロデューサー：奥野(おくの)敏聡(としあき)、神田(かんだ) 修吉(しゅうきち)
脚本(きゃくほん)：園田(そのだ)英樹(ひでき)
監督(かんとく)：湯山(ゆやま) 邦彦(くにひこ)
製作(せいさく)：ピカチュウプロジェクト