何千年(なんぜんねん)もの昔(むかし)、人間(にんげん)に裏切(うらぎ)られたアルセウス。
そのアルセウスが、人間(にんげん) に復讐(ふくしゅう)するために激(はげ)しい怒(いか)りとともに現代(げんだい)へと現(あらわ)れ、サトシたちがたどり着(つ)いた町(まち)・ミチーナを攻撃(こうげき) する。その時(とき)、サトシたちを助(たす)けるため、アラモスタウンで壮絶(そうぜつ)なバトルを繰(く)り広(ひろ)げたディアルガとパルキアが空間(くうかん)を切(き)り裂(さ)いて現(あらわ)れる。さらに、そのバトルによって反転世界(はんてんせかい)を汚(よご)され、ディアルガを追(お)ってきたギラティナまでもが姿(すがた)を現(あらわ)し、かつてない神々(かみがみ)の戦(たたか)いが始(はじ)まった！この壮絶(そうぜつ)バトルの先(さき)にあるものは・・・？神(かみ)と呼(よ)ばれしポケモンたちの戦(たたか)いに終止符(しゅうしふ)がうたれるとき、この世界(せかい)の謎(なぞ)がついに明(あ)かされる！