千年に一度、７日間だけあらわれるという千年彗星がよく見える「移動遊園地・ポケモンパーク」でサトシたちはバトラーという人気マジシャンに出会う。
そして、マジックショーの中、マサトだけにアシスタントのダイアンが持つ"眠り繭"（ねむりまゆ）の声が聞こえてきた。それは千年に一度目をさまして願いを叶えてくれるという幻のポケモン"ジラーチ"の声だった。まもなくジラーチはマサトの手の中で千年の眠りから目覚める。サトシたちの喜びをよそに、バトラーは自らの野望のためにジラーチを利用しようとたくらむのであった。

ニャースが留守番をまかされたロケット団のひみつ基地。ニャースはポケモンを自由にあやつれる"モンスターダンシングボール"を使い、ボスに気に入られようとはりきる！一方、ピカチュウたちは偶然このひみつ基地を発見し、とらわれの身の"ささやきポケモン"ゴニョニョを助け出そうとする。
ところが"モンスターダンシングボール"が突然動き出し、ダンス、ダンスの大さわぎに！そこにドゴームやルンパッパもくわわってもう大変！！ニャースが留守番中のひみつ基地、どうなってしまうのか！