イッシュ地方を旅するサトシとピカチュウ、アイリス、デントたちは、「大地の剣」と呼ばれる城を中心に広がる街、アイントオークにやってきた。この街は、かつて「大地の民の王国」として栄えていたが、現在は衰退してしまっていた。サトシたちは、アイントオークの収穫祭の記念バトルに参加し、そこで人やポケモンにふしぎなパワーを与えることのできる幻のポケモン・ビクティニと出会い、仲良くなる。
王国復活を願う大地の民の末裔、ドレッド・グランギルは、ビクティニのパワーを利用し、「大地の剣」を動かそうとたくらむが、その影響により、アイントオークはかつてない異変に巻き込まれてしまう。
果たして、サトシたちはこの街の危機を救えるのか？ビクティニの運命は？
ゼクロム、レシラムの謎とともに、ポケモン史上最大の冒険と感動が、君に迫る！