次のポケモンコンテストに参加するため、アラモスタウンへやってきたサトシたちは、町でアリスというかれんな女性とであった。 アリスに町のランドマークである「時空の塔」や水と緑がゆたかな美しい庭園に案内され、すっかり観光気分のサトシたちだったが、そこで一行は、何者かによって庭園があらされているのを発見する。
そこへやってきたのは、この町の有力者アルベルト男爵。庭園をあらしたのは、幻のポケモン・ダークライのしわざにちがいないと自信ありげに語るアルベルト。やがて不気味な影の中から、サトシたちの前にダークライがこつぜんとそのすがたをあらわしたのだった。