旅の途中、ポケモントレーナーの"リン"と出会ったサトシたちは、バトルで疲れたポケモンたちを休めるため、一番近いポケモンセンターのある町に向かうことに。その町の名前は、"グリーンフィールド"。心に安らぎを与える緑のリゾート地、のはずだった…。

グリーンフィールドの大きな館でひとり寂しく暮らす少女ミー。ある夜、行方不明になってしまった父親シュリーが残した奇妙な文字のカードを並び替えたことがきっかけで、謎のポケモン"アンノーン"が現われる。

すると、まわりはみるみる結晶に覆われはじめてしまう。突然の結晶化におどろくサトシたちの前に現われたのは、伝説のポケモン"エンテイ"。そして、エンテイはサトシのママを結晶塔に連れ去ってしまう！
サトシたちは無事にママを連れ戻すことができるのだろうか？愛と勇気と親子の絆を描いた、迫力のポケモンアドベンチャー！

大都会、ミレ二アムタウンにやってきたサトシたち。そこでピカチュウはやんちゃなピチュー（弟）＆おとなしいピチュー（兄）に出会う。都会で暮らしているポケモンたちの秘密の広場を舞台に、ポケモンたちが大活躍！